Eine üppige Flora und für das ungeübte Auge fremdartige Formen der Vegetation erscheinen auf Holbox: Mangroven, Ciricote, Kakteen und wilde Orchideen. Die Lagunen im Inneren der Insel beherbergen unendlich viele Wasserpflanzen, welche, wenn man sie einzeln analysiert, die Philosophie einer auf der Mayakultur aufbauenden Insel darstellen.