La isla es completamente plana, sin elevaciones, y está separada de tierra firme por una inmensa laguna llamada Yalahau. En maya el nombre de la laguna se compone de: Yal (agua) y Ahua (rey). A los pies de la laguna pero en tierra firme, se encuentra el particular Ojo del agua, un pequeño cenote o manantial de agua cristalina que, según la mitología de la zona, es una fuente de juventud. Los mayas forraron este manantial de piedra de Jade que los conquistadores españoles tomaron para construir el primer monasterio en Boca Iglesia. Yalahau alberga entre otros, los islotes Isla Morena o Isla Pájaros, que cuenta con la avifauna más importante de la zona.
 
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